Ein wichtiger Meilenstein in der Geschichte der Stadtmusik war das Jahr 1888. Im Dreikaiserjahr trennten sich die Musiker von der Feuerwehr und bildeten als „Musikverein St. Blasien“ eine selbständige Gruppe. Vielfach wurde das Jahr 1888 früher auch als Gründungsjahr der Stadtmusik genannt. Der Feuerwehr blieb man jedoch auch weiter eng verbunden und der Musikverein wurde sogar als „Abteilung der hiesigen Freiwilligen Feuerwehr“ bezeichnet. Es gab aber eine eigene Satzung, in der folgender Vereinszweck vermerkt ist: „Pflege der Instrumentalmusik, Verschönerung der vaterländischen und kirchlichen Feste durch die Musik, Veranstaltung von Abendunterhaltung und Konzerten.“ Für alle Mitglieder wurde ein Monatsbeitrag von 30 Pfennigen festgelegt, alle zwei Monate wurde kassiert. Vorsitzender und Dirigent wurde 1888 der Kaufmann und ehemalige Lehrer Karl Friedrich Stadelberger, Beirat wurde Josef Weißenberger und Rechner Adolf Waßmer.
Während die Musiker bis zum Jahre 1888 bei ihren Auftritten die Uniform der Feuerwehr (sogenannte Drillichanzüge) trugen, zeigten sie sich jetzt bei den Konzerten vornehm und feierlich in Frack und Zylinder.
Im Jahre 1903 wurden die ersten Mitglieder für langjährige Zugehörigkeit geehrt. Der Musiker Konrad Kaiser war bereits 1869 in den Verein eingetreten, er erhielt die Auszeichnung für 25 Jahre Treue aber erst in seinem 34. Mitgliedsjahr, und zwar gemeinsam mit dem 1877 eingetretenen Eduard Lütte, einem Sohn des Gründungsmitglieds Ericus Lütte. Der damalige Vorsitzende Bernhard Schlachter überreichte jedem einen Regulator (eine Pendeluhr) als Geschenk.
Ein weiteres Beispiel an Treue und Idealismus gab der Tenorhornbläser Adolf Herr, der von der Laithe (Urberg) stammte und 1896 erstmals als aktives Mitglied verzeichnet wurde. Als er den rechten Arm verloren hatte, ließ er sein Instrument umbauen, damit er mit der linken Hand die Tasten bedienen konnte. Aus dieser Familie Herr finden sich bis heute immer wieder aktive Musiker in der Stadtmusik. Aus dem Jahr 1903 stammt auch der erste Bericht über einen großen Ausflug. Mit dem Feuerwehrwagen ging es nach Waldshut, dann nach Schaffhausen und von dort mit einem Dampfschiff zur Insel Mainau. Am anderen Tag ging es wieder mit dem Schiff zurück, mit der Bahn nach Albbruck und dort stand dann wieder der Feuerwehrwagen bereit.
Frauen spielten bis in die 1970er Jahre keine Rolle im Vereinsleben. Die einzige Erwähnung einer Frau bis dahin gibt es um das Jahr 1910 herum: Als mit Instrumenten aus Schluchsee eine zweite Musik gegründet werden sollte, trug die St. Blasierin diese Instrumente kurzerhand in einer „Zaine“ (einem Korb ) auf dem Kopf nach Schluchsee zurück und damit auch die Konkurrenz-Musik zu Grabe. Schwierigkeiten hatte der Verein damals mit dem Übungsraum. Das Probelokal im Schulgebäude wurde von der Gemeinde gekündigt, „weil die Bewohner des Hauses sich beklagt haben, dass bei den Musikproben jeweils zu viel Spektakel gemacht wird.“ Fabrikant Krafft stellte dann ein Zimmer im Portalgebäude des Klosters zur Verfügung, aber auch dort konnte man nur kurze Zeit bleiben. Die Proben fanden daraufhin im „Löwenbräu“ bei Gastwirt Johann Eckert statt.
Schon zu Beginn des 20.Jahrhunderts beschäftigte der damalige Kurverein St. Blasien eine Kurkapelle, und bald spielte es sich so ein, dass der Leiter der Kurkapelle auch die musikalische Leitung des Musikvereins übernahm. Der erste Dirigent dieser Art war Reinhold Urban aus Todtmoos, der das Amt von 1904 bis 1908 bekleidete. Er führte den Musikverein zu einer ersten Blüte, die u.a. bei einem Wertungsspiel in Villingen zum Ausdruck kam. In der Zeitung wurde berichtet, dass die Musiker morgens um drei Uhr aufbrachen, um 10 Uhr mit einem äußerst schwierigen Stück vor die Wertungsrichter traten und abends dann mit einem ersten Preis und Ehrenpreis belohnt wurden. Aber auch heimische Musiker taten sich immer wieder als ausgezeichnete Dirigenten hervor. Aus der Reihe der Dirigenten sind vor 1888 Namen wie Strittmatter, Kienholz oder Gerichtsvollzieher Venis bekannt, dann Karl Friedrich Stadelberger, Bernhard Schlachter, Josef Weißenberger, Reinhold Urban, Willi Fuchs, Anton Handke, Musikmeister Rosenberger, Kapellmeister Trotzke, Hermann Ebner oder Anton Stoll. Dieser Anton Stoll war zugleich Hilfsratsdiener im Rathaus. Als er 1922 aus diesem Amt schied, wollten ihn die Musiker als Fagottist bei der Kurkapelle unterbringen, was im Gemeinderat auch Zustimmung fand. Die Sache scheint sich jedoch zerschlagen zu haben und es gab einen länger andauernden Streit zwischen Musikverein und Stadt wegen der Anstellung eines Dirigenten. An Weihnachten und Sylvester des Jahres 1923 schwieg die Musik. Man spielte weder im Dom noch fand das Neujahrsblasen statt. Vom „passiven Widerstand“ war in einem Zeitungsbericht zu lesen und von der Äußerung „Solange uns der Gemeinderat keinen Kapellmeister verschafft, spielen wir überhaupt nicht mehr.“ Die Generalversammlung am 14. Februar 1924 wurde abgebrochen, Vorsitzender Josef Weißenberger hatte eine Wiederwahl abgelehnt, wenn die Dirigentenfrage nicht geklärt würde. Schließlich wurde Kapellmeister Handke von der Stadt als Leiter der Kurkapelle angestellt, mit der Verpflichtung, auch die Leitung des Musikvereins zu übernehmen.
Als außerordentlich erfolgreich wird für den Musikverein das Jahr 1925 bezeichnet. Über Pfingsten fand in St. Blasien das dritte Gaumusikfest des Gaues Oberrhein statt, bei zahlreichen auswärtigen Konzerten holte sich die St. Blasier Kapelle hohe Auszeichnungen. Im Jahre 1925 erscheint dann auch erstmals der Name „Stadtmusik-Verein St. Blasien“, während vorher immer nur vom Musikverein gesprochen wurde. Mit dabei war die Stadtmusik, als 1926 die Dreiseenbahn eingeweiht wurde, und sie war neben der Karlsruher Feuerwehrmusik die einzige deutsche Kapelle beim Musikfest in Basel. Mit der Ouvertüre zur Oper „Nabucco“ von Verdi und „Menuett und Allegro“ von Mozart erreichten die St. Blasier einen beachtlichen Preis.
Inzwischen hatte der unvergessene Kapellmeister Arthur Schuster die Leitung der Kapelle übernommen, der dann über Jahrzehnte der Stadtmusik verbunden bleiben sollte. Die Bevölkerungsstruktur von St. Blasien brachte es mit sich, dass die größte Zahl der Mitglieder der Stadtmusik als Arbeiter in der hiesigen Spinnerei beschäftigt waren. So brachte dann auch der Konkurs der Spinnerei 1930 die Stadtmusik in eine ernste Krise. Viele Familien verloren ihren Broterwerb und mussten St. Blasien verlassen. Die Stadt bemühte sich, wenigstens für einen Teil der Mitglieder der Stadtmusik Arbeitsplätze am Ort zu finden, um die Kapelle zu erhalten. Mit Kriegsausbruch 1939 endete die Tätigkeit des Musikvereins weitgehend.